Dans un monde lointain, le temps est venu de procéder au changement de princesse. Cependant, au cours de la cérémonie, la princesse est sauvagement assassinée et le jeune garçon Arata est injustement accusé du meurtre. Traqué par les chevaliers de la garde de la princesse, il se réfugie dans la mystérieuse forêt de Kando. C'est alors que dévoré par un arbre, il bascule soudainement dans une autre dimension. Au même moment, dans le Japon moderne, un jeune lycéen aussi nommé Arata se retrouve à son tour propulsé dans un autre monde : les deux Arata ont chacun permuté dans le monde de l'autreà Pour les deux garçons, une extraordinaire aventure commence.